בית הכנסת "בני תורה קהילת יעקב" שמתפלליו נוספו ביום שלישי (18 בנובמבר) לקורבנות הסכסוך הישראלי-פלסטיני אינו משמש את תושביהן של אחת ההתנחלויות הקיצוניות בלב הגדה המערבית. שכונת הר נוף, שבה שוכן בית התפילה היהודי הזה, אינה נמנית עם השכונות היהודיות שהוקמו במזרח ירושלים אחרי מלחמת 1967, על אפם וחמתם של הערבים. ניתן לספור על יד אחת את לובשי המדים הצבאיים בשכונה החרדית הזו, השוכנת במבואות המערביים של מערב ירושלים. אלה מהם שמצביעים בבחירות לכנסת, נותנים בדרך כלל את קולם למפלגות החרדיות - יהדות התורה וש"ס. שתי המפלגות האלה אינן יושבות בממשלת נתניהו, זו שמאשרת הפקעת אדמות פלסטיניות לצורך בניית שכונות ליהודים ומעודדת יהודים להתנחל בכפר סילואן, שלמרגלות הר הבית.
ההחלטה של שני המחבלים לבצע את הטבח דווקא במקום הזה ולרצוח דווקא את האנשים האלה, היא עוד סימן לכך שהסכסוך הישראלי-פלסטיני עובר הסבה מסוכנת. ממחלוקת על שטחים ועל ביטחון, שניתן למצוא לה פתרונות רציונליים, הסכסוך הישראלי-פלסטיני הפך לסכסוך דתי-לאומני השוכן במחוזות פחות רציונליים. מונחים כמו "פשרה", "היגיון", ו"אחוות עמים" מצויים מחוץ לשטח השיפוט שלהם. המרכיב הדתי ברצח של ארבעה מתפללים שפוסעים על מפתן בית כנסת בידי מוסלמים, מגביר ומקצין את התחושות והתגובות לפעולת הטרור, לעומת פיגוע בשוק, באוטובוס או בקניון. תחושות ותגובות דומות עלו גם לאחר רצח שמונת תלמידי ישיבת מרכז הרב בירושלים בשעת לימוד דף גמרא במארס 2008, ולאחר רצח 30 יהודים המסבים סביב שולחן סדר פסח במלון פארק בנתניה במארס 2002. במקביל, לרצח 29 מתפללים מוסלמים הכורעים לתפילה במסגד במערת המכפלה בחברון בידי מתנחל יהודי (פברואר 1994), כמו גם הצתת עשרות מסגדים ומריחת כתובות נאצה על קירות מנזרים, יש אפקט שונה מזה של תקיפת נוסעי מונית פלסטינית או הצתת שדותיהם של ערבים בהר חברון.