ביום שני [30 ביוני], שעות ספורות לפני ההודעה הרשמית על מציאת גופות שלושת הנערים, אמר ראש הממשלה בנימין נתניהו כמה מלים בפתח ישיבתה השבועית של סיעת הליכוד ביתנו. את דבריו הקדיש לאכזבתו מהנהגת הציבור הערבי-ישראלי, שלא גינתה את החטיפה. "הם אפילו לא מוכנים לומר מה שהיה מוכן לומר אבו מאזן", טען נתניהו, והזכיר את ההפגנה האלימה שנערכה כמה ימים קודם לכן באום אל פחם, נגד פעילות צה"ל בגדה במסגרת המבצע לאיתור הצעירים. בהפגנה השתתפו חברי כנסת ערביים, ונשמעו בה קריאות לחטוף חיילי צה"ל.
לא במקרה התמקד ראש הממשלה ביחס המנוכר שגילתה ההנהגה הערבית לחטיפה. הערכות מצב ומידע מודיעיני מהתקופה האחרונה מצביעים על הקצנה בקרב קבוצות בציבור הערבי בישראל, שעלולה להוביל לאירוע אלים משמעותי. נתניהו מבקש להטיל את האחריות לכך על ההנהגה הערבית הממוסדת. הוא גם הצהיר כי הוא בוחן אפשרות להוציא מחוץ לחוק את הפלג הצפוני של התנועה האיסלאמית.